腸道菌群紊亂患者主要可使用以下藥物治療，第一種是益生菌制劑，如整腸生、金雙歧等，也可使用益生元；第二種是止瀉藥、排便藥、消化藥等對癥治療藥物；第三種是中藥調節(jié)，有助于改善腸道功能，促進腸道菌群恢復平衡。
1、益生菌制劑
腸道菌群失調常用的益生菌制劑有整腸生、金雙歧桿菌三聯菌片、枯草二聯桿菌活菌膠囊、乳酸菌素片等。雙歧桿菌、乳酸菌等益生菌能抑制腸道有害菌，促進腸道微生態(tài)平衡。患者也可以選擇使用益生元制劑，可以促進特定有益菌的生長增殖。
2、對癥藥物
腸道菌群紊亂的患者也可以根據不適癥狀進行適當的藥物治療，如蒙脫石散、洛哌丁胺等止瀉藥。如有消化不良癥狀，可適當使用多潘立酮、胃消食片、脾丸等幫助消化的藥物。
3、中醫(yī)藥治療
中醫(yī)沒有腸道菌群的概念，但通過綜合征分化治療，可以提高人體的免疫力，促進腸道功能的恢復，然后幫助腸道菌群恢復平衡。腸道菌群失衡患者常表現為腹瀉、腹痛、便秘、消化不良、脹氣等不適癥狀，經中藥調理后也能有效改善。
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